Собрание предметов Соловецкого музея–заповедника делится на коллекции по видам материалов хранения:

• Драгматериалы;
• Нумизматика;
• Разное;
• Меднолитая пластика;
• Живопись;
• Металл;
• Керамика;
• Плиты надгробные;
• Текстиль;
• Археология;
• Естественно–научный фонд;
• Графика;
• Дерево;
• Письменные источники;
• Оружие;
• Прочее;
• Фотоматериалы.

Коллекции состоят из разделов, которые, в свою очередь, можно разбить по хронологии. Например, коллекция археологии состоит из комплекса предметов, обнаруженных на стоянках Соловецкого архипелага: Капорская, Муксалма, Соловецкая, Колгуевская и т.д., которые можно отнести к следующим периодам:

• мезолита;
• неолита;
• раннего металла;
• раннего железа;
• «домонастырское» средневековье;
• «монастырский» период.

Коллекцию металла можно разделить на церковную утварь, бытовые предметы, инструменты и т.д. Внутри каждого раздела на подразделы (например, бытовые предметы на посуду, осветительные приборы, дверные и оконные приборы, коллекции самоваров, колокольчиков и т.д.) и по хронологии. Можно разделить и по видам материала, из которого они изготовлены: черный металл, цветной металл.

В коллекции естественных материалов можно выделить геологические, ботанические и зоологические материалы, собранные на Соловецких островах в разное время.

Коллекция живописи представлены предметами древнерусской живописи разных школ, среди которых московская, новгородская, северные письма. По назначению: иконостасные, пядничные (для домашних молелен) и т.д. Так же можно выделить и группы предметов по иконографии (образы Богородицы, образы Спаса, праздники). Современную живопись можно условно разделить на предметы с архитектурными и природными мотивами; сгруппировать по авторам.

Одной из наиболее интересных коллекций является коллекция керамики, представленная предметами гончарного производства и кирпичного завода Соловецкого монастыря. Здесь выделяется коллекция строительных материалов: кирпичи большемерные с клеймами, половая выстилка поливная и не поливная, изразцы, «соловецкие» и привозные.

В коллекции тканей выделяются разделы: поморский костюм, церковные облачения, кожа, кость, и т.д.

Соловецкий музей на сегодня располагает самой крупной этнографической коллекцией по традиционной культуре поморов, которая сложилась из экспедиционных сборов музея в Архангельскую и Мурманскую области, Карелию в 1970–1990–х гг. В коллекции представлены орудия труда и инвентарь зверобойного, рыболовного и других промыслов и ремесел, предметы домашнего обихода, одежда, обувь и т.д.

Каталог выставки «Наследие Соловецкого монастыря в музеях Архангельской области» (Архангельск, 2006–2007)
Каталог музейных предметов, связанных с историей Соловецких лагерей особого назначения (1920–1939)